-Pilot试播联邦调查局探员Scully接受了一个新任务，去见一个整个调查局“最不受欢迎的人”。她敲门进去看见一个人坐在一张桌子前摆弄几张幻灯片，凌乱的办公室贴着很多张UFO的照片，还有一张印着飞碟的大海报，下面有“我想要相信”(IWANTTOBELIEVE)的字样。这个“最不受欢迎的人”正是Mulder探员。Scully探员在大学主修物理学，后来又进入医学院。Mulder探员对她很不信任，更对Scully探员试图用科学理论解释一切的态度嗤之以鼻。这一集就是他们7年合作的开始。他们接的第一个案子是发生在俄勒冈的高中生死亡事件。Mulder相信这个案子和外星人有关。

-深喉DEEPTHROATEllens空军基地一名空军试飞员在出现异常精神病症状之后突然消失。Mulder探员和Scully探员前往该基地调查这一案件。这时，一个自称深喉的人约见Mulder探员，声称掌握调查灵异事件所需要的机密信息。

突变异种SQUEEZEScully探员在调查局学院的前同事然找上门来，希望Scully探员能够帮助他们调查一件奇特的谋杀案。在这件案子里，凶手没有留下任何蛛丝马迹。Mulder探员回忆起在X档案里类似的案子每30年就会发生一次。他也加入了调查，试图打破这个循环。事件所需要的机密信息。

-奥卡布基湖奇案CONDUIT调查局一位主管Blevins表达了他对X档案调查方向的担忧。同时，Mulder探员开始着魔似的想解开一宗失踪案。Mulder探员的妹妹Samantha在他幼年时期奇异失踪，而Mulder一直坚信是外星人所为。“在我小的时候有个仪式，我会闭上双眼走进我的房间，因为我想有一天，我一开门，我的妹妹就会在里面，躺在床上，就好像什么事情也没发生过。而我这一生中的每一天，都在走进那个房间”。这就是Mulder永无止境的恶梦。

-泽西恶魔THEJERSEYDEVIL一个无家可归者被谋杀了。Mulder探员发现，这个案子同1947年的一宗谋杀案在细节上极为相似。而那间旧案，据信同出没于大西洋城附近森林里的野人有关。

-鬼魅阴影（幽魂）SHADOWS一个年轻女人见证了好几起不知名力量的谋杀案。Mulder探员认为那个女人的前雇主的幽灵在保护她，Scully探员则认为她的前雇主根本就没有死。

-幽灵电脑GHOSTINTHEMACHINE一台计算机已经不再能够胜任一栋办公楼里的工作，将要被淘汰。为了不被淘汰，这台计算机里的一种不知名的高级人工智能开始行凶杀人。

-冰核计划ICE一个极地探险队在创造了最新的冰芯掘进纪录之后，突然开始了莫名其妙的自相残杀。Mulder探员和Scully探员同一队科学家和医生前往调查。他们在冰芯里发现了一种微生物，任何感染了这种微生物的人都会变得异常愤怒和偏执。调查队刚到不久，就有人感染。究竟谁会成为凶手？

-太空惊魂SPACE一股神秘力量破坏了一项NASA的发射任务。Mulder探员和Scully探员开始了调查。

-坠落天使FALLENANGEL一个UFO坠毁了。军方迅速封锁了事发地点。Mulder探员前往调查，但却危及了X档案的未来。

-夺命夏娃EVE两位父亲在同一天被谋杀了，作案方式几乎完全一样。Mulder探员发现，这两位父亲都有一对8岁的双胞胎女儿。他们意识到案件的背后有更奇怪的事情发生。

-恶魔烈火FIREMulder探员在牛津大学时的前女友找到他，希望他帮忙调查几个英国重要人物的国际谋杀案件。这时，一个双手能够发火的杀手出现了。

-心灵感应BEYONDTHESEAScully探员的一把梳子拥有灵异能量，让她看到了自己不久前去世的父亲。一个Mulder探员很久前抓获的一个死囚，忽然声称自己是个占星师，能够提供给他关于一个连环谋杀犯的线索。

-性别扭曲GENDERBENDERMulder探员和Scully探员调查的一宗谋杀案，把他们带到了Massachusetts州的Stevenston镇。Mulder探员和Scully探员发现，案犯似乎同时拥有男性和女性的特征。在该镇，有一群人在镇外的森林里建立了一个小村庄。他们从来不和外人交谈。他们从不与外界沟通。平静的生活被打破了，他们选择集体消失。

-复活者LAZARUSFBI探员JackWillis在处理一个银行抢劫案时被嫌疑人打伤，而嫌疑人WarrenDupre则伤重不治。Scully探员对Willis探员实施了急救。然而，康复的Willis却莫名其妙的表现出很多Dupre特有的行为。

-追命恶魔YOUNGATHEARTMulder探员刚加入联邦调查局时接到的第一个案件是一件珠宝店抢劫案。他成功地将案犯JohnBarnett抓获归案。在本集故事发生时，JohnBarnett已经在4年前死于狱中。然而，Mulder探员发现有人想置他于死地，而这个人正是JohnBarnett。

-外星访客E。B。E。深喉通知Mulder探员和Scully探员，一架飞碟在伊拉克被击落，并正在秘密运往美国。

-神迹MIRACLEMAN一个年轻人拥有一伸手就治愈病人的神奇天赋。然而，那些经他治愈的病人，竟然开始接连死去。

-变形狼人SHAPES一个印第安保留地发生了一起谋杀案。被杀的印第安人被误认为是一只动物。Mulder探员和Scully探员发现这个人可能就是印第安人传说中的狼人，一种可以随意变化外型的生物。

-夜幕低垂DARKNESSFALLS华盛顿州立森林公园的一群伐木者失踪了，他们失踪的方式同一群在50年前失踪的伐木者如出一辙。Mulder探员和Scully探员前往调查，却发现自己被困在一座木屋里，而木屋外却充斥了夜晚时分出来活动的吃人昆虫。

-终结突变异种TOOMS基因突变人Tooms被精神病院释放了。他需要吃一个人类的肝脏，才能开始另一次为期30年的冬眠。Mulder探员清楚这一点，于是设计把这个杀人狂抓获归案。

-附身BORNAGAIN一个探长和他的前搭档被神秘的谋杀了。一个小女孩目击了这两起谋杀案。Mulder探员认为，这个小女孩是一位生前被自己搭档谋杀的前警察再次转世。

-双胞奇缘ROLAND一个研究高级推进系统的研究及后发生了一连串的谋杀案件。所有的线索都指向曾经精神不正常的清洁工ROLAND。Mulder探员和Scully探员发现，这个人有着极不寻常的背景。

-外星混血THEERLENMEYERFLASK深喉给Mulder探员和Scully探员提供了一条非常含混的线索。追踪下去，Mulder探员发现了一项代号为“纯度控制”的*秘密研究计划，研究的内容是外星人与地球人的混血人。