黑暗的真相曝光后,Molly的生活被彻底改变。一转眼六个月过去了,Molly目前正在一家精神病院接受康复治疗。当她得知她在太空目睹的奇怪死亡事件再次发生之后,她决定逃出医院去调查。她与负责调查这些案件的警察兼赏金猎人JDRichter(JeffreyDeanMorgan)不期而遇。出于某种个人原因,Richter决心不惜一切代价揭开事情事实真相。
数据显示,在四个月内有58名孕妇死于生产,这意味着有58个年龄未知的混血体散落在外。混血体近来转入地下,这令Toby等人十分担忧。与此同时,病毒小组的工作取得了突破性的进展,他们正在研究新的病毒株。Molly也在试图查清John的死因,并找回Ethan。Toby帮Molly联系到了国土安全局相关负责人,但负责人表示由于Ethan并非人类,Molly想要回Ethan并非易事。
Molly发现自己的基因已和外星人的基因结合,她成为了一种跨物种的生物,因此她必须尽快阻止外星人基因的繁衍。可以消灭混血体的病毒已经被成功研制,Lucy识别人类与混血体的工作也得到了认可。与此同时,Ethan找到Ahdu向其索取血样,Ahdu表明他们来到这里是为了重建家园。
Molly病重,在隔离病房接受救治,她录下了视频日记,为Ethan填补空白。Julie告诉Ethan,Molly很想见他一面,于是Ethan在Julie的帮助下下载关于Molly的记忆。
Molly整理John遗物,发现了Calderon的行踪,Molly在Calderon处得知种种阴谋的幕后黑手竟是Taylor,同时安委会部长听从了Taylor意见,决定加速生产人工生命。
JD解救了自杀未遂的Charlie,得知真相后,Charlie与Molly等人共同研究毁灭Taylor的方案。Taylor命令人工生命全球释放第一代菌株,地球人遇毁灭危机。